Currículo: Deputado Provincial de São Paulo por três mandatos: 1868-1869; 1878-1879 e 1881-1882; membro da Junta Governativa Paulista 1889; Presidente [governador] de São Paulo 1889- 1890; Presidente da Assembleia Nacional Constituinte de 1890 – 1891; Senador por São Paulo 1890 – 1894; presidente do Senado Federal: 1891 – 1894; Terceiro presidente do Brasil 1894-1898; Vice-presidente Manuel Vitorino ; Antecessor Floriano Peixoto. Floriano Peixoto assumiu a presidência da República, na qualidade de vice, após a renúncia do marechal Deodoro da Fonseca em 23/11/1891.
Na 1ª eleição direta para Presidente da República em 1894, os analfabetos e as mulheres não tinham permissão para votarem. A Lista com o resultado final da votação trouxe 205 nomes, dentre eles Afonso Pena, Cesário Alvim, Ruy Barbosa, Almeida Couto, Lauro Sodré, Silveira Martins e outros. O resultado da votação dessa eleição, consta que dos 351 mil votos totais, Prudente de Moraes, recebeu 291 mil e se elegeu presidente.
Prudente de Moraes foi o primeiro civil eleito em 1894, para ser o 3º presidente do Brasil, sendo o primeiro a ser escolhido pelo voto direto. Os dois anteriores eram militares.
O deputado Flavio Araújo (BA), contestou a lisura da eleição, uma surpresa para os demais parlamentares, porquanto a sessão do Congresso transcorria com tranquilidade e em paz. Estavam, portanto, habilitados para oficializar a vitória do Presidente Prudente de Moraes que recebeu 83% dos votos na primeira eleição direta para presidente. A sessão foi realizada no Palácio Conde dos Arcos, a sede do Senado, causou um tumulto generalizado, de reação contra do deputado Flavio Araújo. Enquanto ele discursava, os demais parlamentares exaltados e contrariados, o rechaçavam aos gritos. O senador Ubaldino do Amaral (PR), presidente da sessão, por várias vezes, tentou restaurar a ordem.
O deputado Flavio Araujo argumentou que a eleição deveria ser anulada por três motivos:
Relatou: Em primeiro lugar o Sul do país não votou, Rio Grande do Sul, Santa Catarina e Paraná, foram impedidos de votar, por causa do Estado de Sítio imposto em reação à Revolução Federalista (1893-1895). Declarou: o presidente apesar de eleito, e de suas qualidades intelectuais, não tinha o prestígio popular necessário para afrontar a crise que atravessava o país.
Em segundo lugar ressaltou: os Estados de São Paulo, Rio de Janeiro, Pernambuco e Paraíba e o Distrito Federal (cidade do RJ), por causa da Revolução Armada (1893-1894), votaram após um Estado de Sítio que só acabou na véspera da eleição.
Em terceiro lugar o deputado cita a abstenção. O voto é facultativo. O Brasil conta com 800 mil eleitores, mas só 351 mil votaram. As fraudes frequentes na época, muitos intuíram que o resultado já estava decidido.
Diante dessas argumentações em junho de 1894, apresentou uma emenda determinando a anulação da eleição de março e propôs que se convocasse outra para setembro.
Um dos mais exaltados, o deputado Nilo Peçanha (RJ) (mais tarde sétimo presidente do País), aparteia Flavio dizendo com veemência: – A eleição foi tão livre que oposicionistas lograram triunfar nas eleições para o Senado e a Câmara, simultâneas à eleição presidencial. Os jornais informaram que a sessão da câmara foi tumultuada e classificou a emenda do deputado de “infelicíssima”.
Araújo, numa última tentativa de convencer os colegas, declarou que preferia a ditadura à democracia sem apoio popular. Sem obter êxito sobre sua pretensão, finalmente se dá por vencido.
Ânimos apaziguados, o parecer reconhece a eleição de Prudente de Moraes, é aprovada. Ninguém votou contra. Desde o começo, Prudente exerceu o mandato, sob revolta de movimentos populares, demandando esforço do governo para solução dos problemas.
Vindo de Piracicaba (SP) para o Rio de Janeiro, ao desembarcar, não havia ninguém para recepcioná-lo, fato que presumiu como sendo o primeiro motivo para o presidente em exercício, Floriano Peixoto, demonstrar desinteresse para entregar-lhe o poder.
As hostilidades continuaram. Floriano não quis recebê-lo para a transição do cargo, alegando falta de horário na agenda. No dia da posse, o Presidente não enviou a carruagem oficial ao hotel onde o sucessor estava hospedado. Prudente teve de alugar uma carroça às pressas para chegar ao Palácio Conde dos Arcos, sede do Senado.
Após o juramento, o novo presidente foi para o Itamaraty, o palácio presidencial, mas o local estava deserto, aberto, sujo e sem funcionários, um despropósito de Floriano, que se negava transmitir-lhe o cargo. O marechal Floriano não via com bons olhos a chegada dos civis ao poder, pois foram os militares, que em 1889 proclamaram a República.
Prudente era um intelectual e politicamente ativo, de um currículo invejável, exerceu inúmeros cargos políticos , inclusive, foi governador de São Paulo em 1889, nomeado pelo presidente marechal Deodoro da Fonseca, e como senador presidiu a Assembleia Nacional Constituinte. Na primeira eleição presidencial, indireta, em 1891, ficou em segundo lugar.
Em 1894 no Sul, surgiu a Revolução Federalista (1893-1895). Em 1896 explodia a Guerra de Canudos na Bahia, no primeiro episódio o governo conseguiu um acordo de paz, no segundo houve o massacre dos adeptos da figura messiânica de Antonio Conselheiro, derrotados pelas forças poderosas da República. O maior feito de Prudente foi a pacificação do país. Foi no seu governo que aconteceu a transição da Monarquia para a República, e o novo regime se consolidou.
O Presidente tinha um inimigo insuspeito. Era Manoel Victorino, seu vice. Em 1896, Prudente teve de se afastar do cargo para submeter-se a uma cirurgia. O vice, Victorino, assumiu o cargo, e vaidoso, idealizou um golpe para não devolver a presidência ao titular. Trocou ministros e transferiu a Presidência do Itamaraty para o Catete. Ao tomar conhecimento do fato, Prudente que convalescia em Teresópolis (RJ), decidiu voltar de surpresa, e Victorino , sem tempo de reagir e sem outra opção, teve de entregar o cargo presidencial ao titular.
Em 1895 foi publicado em um Jornal, a charge do presidente Prudente com os dizeres: “Presidente que nunca cai nas covas abertas pelos inimigos”.
Em 1897, em uma cerimônia, Prudente enfrentou um soldado descontrolado, que encostou uma pistola em seu peito, o Presidente usando a cartola conseguiu desarmá-lo, porém o soldado sacou uma espada, matou o ministro da Guerra, marechal Carlos Machado Bittencourt, e Prudente saiu ileso.
Victorino foi processado como mandante do atentado, ante a falta de provas, o vice foi inocentado.